A középkori liturgikus ének történetének, hagyományainak vizsgálata jellemzően sok forrás „egyidejű” vizsgálatát igényli. A korábbi évtizedekben ennek egyedüli megfelelő eszközét a mikrofilm-másolatok jelentették. A régi zenetörténeti (akkor még a Népzenekutató Csoport keretei között folyó) kutatások igényeinek kielégítésére jött létre 1966-ban az intézet középkori mikrofilm-gyűjteménye. A gyűjtemény egyik alapítója Szendrei Janka volt, aki évtizedeken keresztül (egészen a közelmúltig) gondozta azt, vezette nyilvántartását, s Dobszay Lászlóval együtt irányt szabott szisztematikus gyarapításának.

Tartalma részben hazai, részben külföldi gyűjteményekből megrendelt másolatokból állt össze, kiegészülve néhány saját fényképezésű filmmel. A tervszerű gyarapításnak két fő szempontja volt: egyrészt a magyar középkor liturgikus zenei forrásainak minél teljesebb körű összegyűjtése, másrészt külföldi összehasonlító források beszerzése.

Ami az elsőt illeti: nemzetközi összehasonlításban a fennmaradt magyarországi források száma sajnos erősen korlátozott; a nagymértékű pusztulás miatt a hangjelzett források száma mindössze 180-200-ra tehető. Ha ezt kiegészítjük a nem hangjelzett kéziratokkal (pl. breviáriumokkal, misszálékkal), akkor munkahipotézisként kb. 350 olyan zenei forrással számolhatunk, amely a magyar középkorhoz köthető. Ebből a szempontból a mikrofilm-gyűjtemény megközelítően teljesnek mondható, s emellett a kora újkori Magyarország forrásainak reprezentatív gyűjteményét is magában foglalja.

Az összehasonlító források beszerzését részben a mindenkori kutatási témák határozták meg, részben az a szándék, hogy a gyűjtemény fontossági sorrend szerint kielégítően reprezentálja a magyar hagyománnyal kapcsolatba hozható regionális vagy intézményi hagyományokat is. Ennek megfelelően gazdag összehasonlító anyagot tartalmaz Közép-Európa, kisebb részben Dél- és Nyugat-Európa középkori gregorián forrásaiból (kb. 550 forrás). Természetesen ezen a téren a gyűjtemény nem lehet teljes, s gondozói nem is törekedtek erre. A cél az volt, hogy a használó egy kutatási koncepciónak megfelelően egymás mellett találja különböző korok és vidékek forrásait, s azokkal összehasonlító vizsgálatokat végezhessen. Ilyen értelemben a gyűjtemény nem elsősorban mint archívum, hanem mint kutatási segédlet bír jelentőséggel. Bár a benne található források mennyisége is figyelemre méltó, szakmai értékét nem annyira ez, mint inkább az összeállítás adja: egyedülállóan jeleníti meg a régi magyar zenetörténet forrásainak együttesét, egyes régiókra vonatkozóan pedig nemzetközileg is a zenei középkorkutatás egyik jelentős gyűjteménye. Mivel nyilvántartása (hosszú ideig kéziratos naplóban, ma már digitális formában) lényegében a beszerzés sorrendjét követte, a fő célkitűzések mellett a gyűjtemény mintegy lenyomatát adja az alapítása óta eltelt időszak kutatástörténetének is.

A mikrofilmek jelentős része a Magyarország Zenetörténeteközépkori kötetének háttérkutatásaihoz, illetve a Szendrei Janka által folytatott notáció-kutatásokhoz kapcsolódik. Nagyarányú forrásbeszerzést generált az 1988-ban elinduló CAO-ECE sorozat, majd a 90-es években megélénkülő ordinárium-kutatás. Részben újabb kutatási irányokkal, részben egyes, immár a fiatalabb generációhoz tartozó kutatók érdeklődésével függtek össze az utóbbi évek forrásfeltáró munkái és forrásbeszerzései külföldi könyvtárakban (pl. Zágrábban, Prágában és Olmützben), illetve a korábban elhanyagolt forráscsoportokra kiterjedően (pl. a Tridentinum utáni kéziratok és nyomtatványok). Az újabb beszerzések között azonban – a digitalizált források egyre nagyobb mennyiségben történő hozzáférhetővé tétele következtében – a mikrofilmek egyre elhanyagolhatóbb szerepet töltenek be.