A Zenetudományi Intézet vezetése az újabb átszervezéssel kapcsolatban teljes mértékben egyetért az MTA Zenetudományi Bizottság ez ügyben kiadott állásfoglalásával: 

A magyar zenetudományi kutatás intézményes kezdetei, Bartók Béla és Kodály Zoltán úttörő és nemzetközi jelentőségű népzene-rendszerezői tevékenysége révén, a Magyar Tudományos Akadémiához kötődnek. A Magyar Tudományos Akadémia alapította azt a két műhelyt – a Népzenekutató Csoportot és a Bartók Archívumot –, amelyből később az MTA Zenetudományi Intézete létrejött. A jelenleg a Bölcsészettudományi Kutatóközpont Zenetudományi Intézetében őrzött és gondozott, a nemzeti kulturális örökség részét képező nagy zenei gyűjtemények – a Bartók Archívum, a Népzenei és Néptánc Archívum, a 20–21. Századi Magyar Zenei Archívum és a Zenetörténeti Múzeum – a Magyar Tudományos Akadémia tulajdonában állnak, és ezeknek a kivételes értékű gyűjteményeknek méltó őrzőhelye a szintén MTA tulajdonú Erdődy-Hatvany palota. A Zenetudományi Intézetnek az Eötvös Loránd Tudományegyetemhez való csatolása minden ésszerű elgondolásnak ellentmond, és semmiféle történeti vagy praktikus érv nem szól mellette. Az MTA Zenetudományi Bizottsága üdvözli az MTA Elnöksége 2025. június 24-i állásfoglalását, amely szerint az MTA a megfelelő működési költségek és bérek biztosítása esetén kész átvenni a HUN-REN-ről leválasztott négy kutatóközpontot, a hazai nemzeti kutatások letéteményeseit: ezen intézmények, köztük a Zenetudományi Intézet finanszírozásának azonnali rendezése és hosszútávú biztosítása, a nyugodt munkakörülmények megteremtése nemcsak a magyar tudományosság, de a nemzet érdeke. A Zenetudományi Intézet gyűjteményeinek működtetését, kutatási eredményeinek a nemzeti kultúrába való szerves beépülését és kiemelkedő nemzetközi elismertségének fenntartását csak a Magyar Tudományos Akadémia biztosíthatja.